Wiek XVII jest czasem wzbogacenia się parafii, dzięki dziesięcinom składanym na rzecz kosocickiej fary przez mieszkańców Rajska i Soboniowic, co pozwoliło na wzbogacenie się parafii. Natomiast w następnym wieku powstaje drewniany kościół z fundacji Piotra Dembińskiego, właściciela dóbr kosocickich. Jego opis wraz z inwentarzem znajduje się w dokumencie z lat 1735–1749. Jest w nim potwierdzone, iż Kosocice będące własnością Stanisława Kostki Dembińskiego, zyskały w latach 1717–1727 kościół, który został konsekrowany 26 VII 1717 r. przez sufragana krakowskiego, księdza biskupa Michała Kunickiego.
Z pewnością, na postawie spisu dokonanego za czasów administrowania parafią przez ks. Kryspina Dybalińskiego do roku 1803, kościół posiadał krzyż z relikwiami Krzyża Pana Jezusa. Za kolejnego proboszcza, ks. Franciszka Kunickiego (1829−1876) fara została całkowicie odnowiona, a następnie do roku 1895 za administracji ks. prob. Jana Witko wzbogacona o przyległości. Za czasów ks. prob. Stanisława Chudyby (do 1905 r.) świątynia ponownie poddana została gruntownej renowacji. W dniu 6 IX 1910 r. wybuchł w kościele parafialnym za wielkim ołtarzem, z niewiadomych przyczyn, pożar, w którym doszczętnie spłonął cały kościół, poza murowaną zakrystią i dzwonnicą.
Parafianie w 1918 r. zakupili nowy barak i postawili kościół barakowy, w którym odprawiane były nabożeństwa. Skonfliktowany z właścicielem i kolatorem Kosocic, Bronisławem Śliwińskim, kolejny proboszcz ks. Sypowski przeniósł się do Piasków Wielkich i tam rozpoczął budowę kościoła. Od 9 IX 1923 r. pracę duszpasterską w Kosocicach rozpoczął ks. prob. Stanisław Mizia, który zainicjował budowę nowej, murowanej świątyni.
Założywszy fundamenty 2 X 1932 r., doprowadził do poświęcenia kamienia węgielnego pod nowy kościół, przez metropolitę krakowskiego, ks. arcybiskupa Adama Sapiehę. Proboszcz Mizia sam nadzorował budowę nowej świątyni, w której rozpoczęto wkrótce odprawianie nabożeństw. W latach 1926 − 1927 została odłączona na rzecz Wróblowic wieś Zbydniowice, należąca dotąd do Kosocic. Kolejny administrator parafii, ks. prob. Józef Lichoń (1935 – 1948) dokończył i uzupełnił budowę naw bocznych kościoła. Ukończył również i poświęcił w 1938 r. Drogę Krzyżową, fundowaną przez stowarzyszenia katolickie i parafian.
W latach 1948–1957 parafią administrował ks. Józef Grzebyk, dzięki któremu powstały ołtarze boczne, pokrycie kościelnego dachu, a także solidne ogrodzenie fary i doprowadzenie oświetlenia elektrycznego. Jego następca, ks. prob. Jan Szybowski, w latach 1957–1967 kontynuuje prace przy kościele. W 1959 r. zostaje ufundowany dzwon „ Maria Magdalena”, poświęcony w tym samym roku przez ks. biskupa Karola Wojtyłę. Istotną datą w najnowszej historii parafii jest 7 V 1961 r., w którym to ks. biskup Karol Wojtyła dokonuje konsekracji kościoła i jego trzech oł− tarzy. W następnych latach parafią administrowali: ks. prob. Zdzisław Kałwa 1967 −1968, ks. prob. Eugeniusz Sukiennik 1968–1976 i ks. kanonik Julian Lachendro 1976–1992. Od 1992 r. proboszczem kosocickiej parafii jest ks. Michał Maciejczyk. Wokresie jegoadministrowania, wykonano w latach 1994–95 ogrodzenie cmentarza parafialnego, w latach 1996–97 została wyremontowana wieża oraz sygnaturka kościoła, w latach 2002−2004 wykonano remont kapitalny kościelnego dachu, z odnowieniem zewnętrznej elewacji, krucyfiksu umieszczonego na tęczy oraz polichromii wewnątrz świątyni, przyłącza wody dla kościoła, plebani i cmentarza oraz alejkę na cmentarzu. Ocieplono również strop świątyni i rozpoczęto renowację okien witrażowych, które stanowią o niepowtarzalnej atmosferze kosocickiej fary. W roku 2003 mieszkańcy Soboniowic wykonali remont kapitalny kaplicy.
